2017年6月27日，包头医学院巴彦淖尔临床医学院正式成立，标志着双方在推进医教协同、深化产教融合方面迈出了里程碑意义的一步。目前学院承担包头医学院临床医学专业10个班的教学学生管理工作。
巴彦淖尔市医院位于内蒙古自治区西部，始建于1958年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型三级甲等综合医院，承担着全市170余万各族群众的医疗保健和各旗、县、区急危重症转诊患者的救治重任。
医院综合实力雄厚，为内蒙古自治区六个区域医疗中心之一，中国急性心肌梗死规范化救治项目内蒙古救助协作中心、国家住院医师规范化培训基地、国家级爱婴医院、国家级胸痛中心、国家心力衰竭医联体、内蒙古心血管专科联盟、西京消化病医院巴彦淖尔整合医学中心、中国难治性癌痛规范化诊疗示范基地、中国罕见病联盟首批成员单位，包头医学院、河套学院附属医院，内蒙古医科大学、包头医学院硕士研究生培养基地，包头医学院临床医学院，内蒙古自治区普通高等教育临床教学基地。与北京宣武医院，中日友好医院呼吸科、疼痛科，中科院肿瘤专科，北大人民医院泌尿外科均建立专科联盟。
医院环境优良，人才辈出，服务半径辐射内蒙古自治区西部以及蒙古国南戈壁省等周边省市地区。医院占地12万平方米，总建筑面积19.7万平方米，开放床位1560张，拥有职工2250人，高中初职称916人，博士硕士185人，本科1468人。年接诊患者75.15万人次，年出院患者5万人次，年手术量4.23万例。医院引入应急救援直升机，在全市多个旗县医院、苏木乡镇卫生院建立起59个直升机起落点，构建起全市重大突发公共卫生事件和急危重症医疗救治的“空中生命线”。
医院专科门类齐全，学科特色鲜明，内设临床科室45个，医技科室19个。急诊急救医学、康复医学为内蒙古自治区医疗卫生重点学科，急危重症救治中心、康复医学中心、肿瘤整合医学中心为自治区领先（重点）学科培育学科，泌尿系科（含肾内科、泌尿外科）、消化系科（含消化内科、肝胆外科、胃肠外科、内镜整合医学中心）、妇儿生殖中心（含妇科、产科）、儿童医院（含儿内科、儿外科、新生儿科）、呼吸系科（含呼吸内科、心胸外科）、肿瘤整合医学中心、骨科、血液科为院内重点学科。院内建立有中国工程院樊代明院士工作站、石学敏院士工作站、郝希山院士工作站，首都医科大学附属北京世纪坛医院李雁教授腹膜癌诊疗博士工作站，国家消化系统疾病临床医学研究中心、中国西部国际远程会诊中心、沃森智能肿瘤会诊中心等优势诊疗资源。
医院科研实力不断加强，承担多项自治区及市级课题，先后获得内蒙古自治区科技进步奖、自治区医学会科技进步奖、市科技进步奖、市自然科学奖等各级科研成果奖19项，有38项科研课题分获自治区自然科学基金、自治区草原英才、内蒙古科技计划项目、自治区卫生厅科技计划项目、巴彦淖尔市科技计划项目立项，平均每年发表SCI论文、核心期刊等论文近200篇。
秉承“厚德精医，仁爱创新”的文化精神，多年来，医院孜孜不倦的追求医疗技术进步和医院创新发展，各项事业均取得丰硕成果，得到了各级政府的充分肯定和社会各界的广泛认可。医院相继获得全国百姓放心示范百佳医院、全国卫生系统先进集体、全国管理创新医院、全区百佳医院、全区“五一”劳动奖状获得单位、全区卫生工作先进集体、全市科技工作先进集体、全市文明单位等50多项国家、自治区及市级荣誉奖项。
