体育部是包头医学院建校时成立的二级教学科研单位。承担着运动康复专业建设、学生的培养、管理,学校本专科学生的体育教学、训练竞赛、体质健康测试和师生的群体活动辅导。

体育部下设综合办公室、教学科研科、学生管理科（团总支）、群体与竞赛科、运动康复教学教研室、公共体育教研室、体质健康测试中心、群体竞赛教研室。现有教职员工25人，其中教授1人、副教授10人、讲师7人、助教5人、助理研究员1人、研究实习员1人。具有硕士学位18人。

运动康复专业申办于2006年，2008年开始招生。2016年，运动康复专业被自治区教育厅批准为转型发展专业试点，是《国家普通高等学校本科专业类教学质量国家标准》制订单位(运动康复专业)。经过十多年的建设和发展，培养了一批从事运动伤害防护、临床康复、健康指导的应用型技术技能型人才。现设有运动康复实训室4个，服务于学生的“早实践”。2015年、2017年在全国高校运动康复专业学生技能大赛荣获团体一等奖，个人一、二、三等奖。

按照《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》、《高等学校体育工作基本标准》的要求，我校对大一到大三的学生开设体育选项课和选修课，实现了体育课网上“三选”（选项目、选时间、选老师）。开设篮球、排球、足球、羽毛球、网球、乒乓球、太极拳、健美操、跆拳道、啦啦操、气排球十一项公共体育选项课和体育保健课；手球、极限飞盘、田径、民族传统体育四项公共体育选修课；篮球、排球、足球、田径、跆拳道、武术六项俱乐部课程。同时，将课外活动和大学生体质测试成绩纳入体育课考评内容，实现课内外考核相结合。管理实行体育部、教学教研室、课程组三级管理制度，提高了教学、教研活动的针对性和实效性。体育部重视师资培养，加强师资队伍建设，积极组织教师参加专业培训学习和交流。近三年20多名教师申报完成了多项课题，参与编写国家级教材、专著多部，完成教学研究和教改、科研论文若干篇。

我校从2005年开展国家大学生体质健康标准测试工作。多年来认真分析测试数据，对学生的体质健康进行有针对性的评价，结合实际进行教学改革，指导鼓励学生积极主动参加体育锻炼，促进学生身心健康发展，实现学生终身体育锻炼的发展目标。

学校现有运动队7支。近年来，积极参加全国及自治区的各项赛事并取得较好的成绩。2016年、2017年、2018年校女排荣获中国大学生排球锦标赛三联冠；2017年我校女排代表内蒙古参加中华人民共和国第十三届学生运动会女子排球（大学组）比赛，取得决赛第五名的好成绩，为我区参加全国学生运动会排球比赛最好成绩，并获得自治区政府奖励。校足球队、篮球队、田径队、乒乓球队、健美操队、武术队在自治区历届赛事中突破历史，均取得优异成绩。