我院现有4个学科方向包括：

中蒙医针灸学：该学科方向是中医针灸与蒙医传统温针疗法有机结合，形成具有鲜明地区特色的专科方向，在神经内科疾病、骨关节病及风湿病的治疗等方面疗效独特。创立中蒙医特色针灸疗法学术理论体系，进行临床疗效与安全性评价研究，扩展针灸治疗的领域和服务范围。蒙医温针疗术被评为国家级非物质文化遗产代表性传承项目，中医针灸学科是自治区医疗卫生重点学科、自治区中医特色重点建设学科。

中医内科学：该学科方向是基于中医经典理论，运用经方辨证论治，结合自治区非物质文化遗产代表性传承项目“中医传统组方”，在消化系统、内分泌系统、心血管系统及风湿类疾病等疾病的治疗和预防中独具特色。深度挖掘经典理论及本地中医流派的学术传承，梳理其诊疗特色，结合中医养生学进行干预，治疗内科疾病，分析其内在规律，进行规范化和普遍适用性的内科病防治。

中蒙医文献研究：该学科方向是中医与蒙医文献及中国传统文化研究，基于文献的整理、研究和翻译，同时进行数据挖掘与知识发现研究，对中医学与蒙医学及自然医学进行的比较研究。

中医妇科学：依托附属妇产医院，运用中医整体观念和辨证论治的临床思维，以人为本，通过调动和调节人机体自身的功能来驱除疾病，不伤害和破坏人体的生理结构，重在“以调治病”内外兼治、整体调节的治疗效果和机制研究。

目前我院进一步凝练学科方向，致力于学科间的交叉与融合，同时不断扩大与其它专业的横向联系，用更细致准确的研究方向，以点带面提升教学科研水平；沟通引进人才，丰富学术人才队伍，促进老中青人才梯队的形成。