2023年基层分会机构设置如下：
包头医学院工会下设科室：
综合部
女工部
根据《工会法》、《中国工会章程》的有关规定，进一步加强我校基层工会组织建设特设立：现有基层分会12个。
基层分会3个： 第一附属医院工会（代管临床教学部）、第二附属医院工会（代管全科医学院）、卫生健康学院工会
单设分会7个：
1、机关分会（离退休人员工作处及继续教育学院工作处归到机关分会）
2、基础医学与法医学院分会
3、公共卫生学院分会
4、医学技术与麻醉学院分会
5、药学院分会
6、人文与国际教育学院分会
7、后勤分会
联合分会2个：
1、教学一分会： 护理学院、口腔医学院、中医学院
马克思主义学院
2、教学二分会： 体育部（运动康复学院）
计算机科学与技术学院
校工会
